設於新竹清華大學的清華海峽研究院新竹辦公室爆出爭議，儘管清大澄清並未參與運作，但仍遭民進黨立委范雲等人指控接受中資捐助，清大再反駁遭到抹紅；對於此案，教育部認定清大違反兩岸條例，而且要全面徹查各大學兩岸交流。此案的真相尚待釐清，但蔡政府與民進黨卻已群起攻之，甚至拉高到國安層次，學界因而憂心兩岸學術交流續探低點，甚至引發寒蟬效應。
此次清大事件，可從蔡政府及民進黨的「反中」權謀，以及把手伸進校園兩個層面觀察。
首先，蔡政府及民進黨靠「反中」取得中央執政權和國會席次優勢，完全執政五年多來始終熱衷於「反中」，並於二０一九年起陸續翻修「國安五法」，之後又訂定《反滲透法》，這些動作讓許多從事兩岸交流的人士擔心被扣上紅帽子。日前國安局長陳明通證實，《反滲透法》訂定兩年多來沒有辦到任何人，證明當初倉促立法根本只是為了營造「反中」氛圍的選舉伎倆。
再回到此次清大事件，教育部長潘文忠強調兩岸交流、學術自由不能違反法律；在教育部、經濟部、陸委會等單位組成專案小組進行調查後，教育部又對清大祭出違反兩岸條例，表示將移送經濟部裁罰。不過，不但清大強調並未參與清華海峽研究院運作，而且一位清大教授表示，二０一六年民進黨執政之後兩岸關係緊張，清華海峽研究院「就沒什麼在運作」。因此，為何蔡政府此時「舊案新辦」？自然令人質疑是否試圖再次營造「反中」氛圍。
其次，兩岸條例的法定主管機關是陸委會，教育部「初步研判」清大違反兩岸條例之後即移請經濟部辦理裁罰程序，是否有「越俎代庖」之嫌？尤其，教育部掌管全台灣所有公私立大學，清大事件之後又發函各公私立大專院校，「提醒」各校進行兩岸交流應嚴守兩岸條例及現行兩岸政策，「合作不得涉有政治性內容」。須知，在中共政權統治之下，大陸幾乎每所大學都有或多或少的黨政軍色彩，更何況何謂「政治性內容」也難有明確定義，這也是部分大學認為教育部發函恐讓大學無所適從、動輒得咎的主因。
再從另一個層面來看，一位國立大學主管認為，高教研究必須在自由學風下進行，倘若此次清大事件造成寒蟬效應，對台灣高教將有負面影響。此一觀點令人聯想起潘文忠擔任部長的教育部早有踐踏大學自主、自治的「前科」，二０一八年的「拔管案」即出自潘文忠擔任部長的教育部之手。「拔管案」導致潘文忠辭去教育部長，回鍋之後的此次清大事件，部份學術界人士又質疑大學自主、自治遭到教育部侵犯，莫非「拔管案」令人餘悸猶存？
儘管如此，民進黨雙標本質不改，倒是積極「進軍」大學校園。二０一三年十月二十日，民進黨新北市黨部大喇喇地發布新聞稿，表示與台北大學推廣教育中心合作開辦公共政策研習班課程，「明年地方選舉開始起跑」；日前再爆民進黨新北市黨部又與台北大學合作開辦公共政策研習班，招生對象為「本黨籍現任里長及有志參與公共事務者」，這種研習班豈不是把台北大學當作民進黨黨校？不僅如此，二０一七年六月台北市某明星高中竟然出現民進黨的海報，這難道不是政黨伸手進入校園？
早期民進黨主張政黨退出校園，如今呢？
